Por determinação da Justiça Federal do Ceará, o Enem 2010 foi suspenso. O Ministério Público Federal apresentou um pedido de liminar que foi aceito pela justiça Cearense. A decisão tem efeito em todo o Brasil.

    A base dos fundamentos que justifica a decisão foi o argumento que o erro da impressão das provas prejudicou os candidatos. A juíza federal Carla de Almeida Miranda Maia, da 7ª Vara Federal, ainda descreveu em seu despacho que "em algumas salas", os candidatos foram orientados a preencher o gabarito invertendo a ordem das respostas, o que seria incorreto, pois apenas os cabeçalhos das questões haviam sido alterados. Para ela, a realização de novos exames para parte dos candidatos "poria em desigualdade todos os candidatos remanescentes".

    Para o ministro da Educação, Fernando Haddad, a decisão da justiça não tem nenhum efeito na prática, pois segundo ele, a prova já foi aplicada. A liminar concedida pela Justiça Federal, diz ele, deve interferir nos próximos passos do exame. Fernando Haddad ainda afirmou que o ministério irá se empenhar em “sensibilizar” a juíza que tomou a decisão, já que o principal argumento dela é de que a reaplicação do Enem para os estudantes prejudicados significaria uma condição desigual. Segundo ele, a TRI, Teoria de Resposta ao Item, que é um mecanismo matemático aplicado na escolha das questões da prova, garante que os exames têm dificuldade igual, mesmo se aplicados em épocas diferentes.